وفي عام 1080هـ زاد فيه أخ الوزير محمد بك الدفتري رواقًا، كما أن عمر باشا والي بغداد في عام 1090هـ اعتنى بحديقته فجعلها بهجة للناظرين، وفي عام 1217 هـ رمم مسجد الامام الأعظم الوالي سليمان باشا، وزوّق المئذنة بأنواع الزخارف، وحلى رأسها بالذهب، وفي عام 1231هـ بنى داود باشا المصلى.

نذر أم السلطان (برتونيال) :

وقد أعيد بناء الجامع كاملًا إلا المنارة والقبة سنة 1288هـ بأمر من السلطان العثماني عبدالعزيز فقد أصاب أم السلطان عبدالعزيز مرض كادت أن تهلك فيه فنذرت لئن شفاها الله لتجددن مسجد الامام أبي حنيفة فشفيت بإذن الله. ولما أمر ولدها السلطان عبدالعزيز بتجديد المبنى خصصت هذه السيدة الشريفة واسمها ( برتونيال) مبلغ ثمانين ألف ليرة عثمانية من الذهب وكان مبلغًا خياليًا في حينه، وقد دفعتها خلال سنوات بناء المسجد الخمسة.

وكان المباشر للبناء ( اسطه كرز) أشهر معمار في زمنه، وقد اشتملت الخارطة التي رفعها إلى أم السلطان عن البناء المزمع إقامته على حرم ( بيت الصلاة) ورواقين، وغرف من جهة الجنوب والشرق والشمال محيطة بصحن واسع، كما اشتملت مخططات المسجد على حديقة ومصلى صيفي وساحة كبيرة ومدرسة للقرآن الكريم.

وفي عام 1328 هـ قام السلطان العثماني عبد الحميد بتجديد سور الجامع من جهة القبلة وبنى فيه غرفًا للطلاب والغرباء وبنى دورًا ثانيًا فوق الغرف الجنوبية..

وتتابع الترميم والتجديد في عامي 1354هـ و1355هـ.

ثم دعّم البناء عام 1367 هـ بإسناد الرواقين القديمين في جامع الامام بطارمة أمامية تحيط بهما. وأعيد وضع سورة الفتح التي خطها الخطاط الشهير عبدالحميد حمدي من قبلُ على القاشاني الملون البديع على افريز، فتوّجت بها بعد أن كانت فوق الرواق من الجهة الخارجية.

آخر التوسعات وأهمها: