و قد عانت هذه المكتبة من الإهمال في ظل الحكم الشيوعي للبوسنة حتى كادت تفقد ما في خزانتها من نفائس المخطوطات ، بعد أن طالتها الأرضة ، والأيدي الآثمة ، حتى تنبه لذلك بعض الغيارى فسعوا إلى نقل مخطوطاتها إلى مكتبة الغازي خسرو بيك بسراييفو ، و نفذوا ذلك فعلًا سنة 1379 هـ / 1950م ، جزاهم الله خيرًا .

و إلى جانب ما تقدّم ذكره عرفت البوسنة منذ وصول الإسلام إليها مكتبات عديدة من أشهرها:

مكتبة مدرسة حسن ناظر ، وقد أنشئت سنة 957 هـ/1550م في مدينة

فوتشا .

مكتبة المدرس عثمان أفندي ، و قد أسست في القرن الحادي عشر من الهجرة / السابع عشر من الميلاد في مدينة فوتشا .

مكتبة مميشاه بيك ، و قد أسست سنة 983 هـ/1575 م في مدينة فوتشا .

مكتبة درويش باشا بن بايزيد آغا ( ت: 1012 هـ / 1603 م ) في موستار.

مكتبة مصطفى أيوب زاده المعروف بالشيخ يويو ( ت: 1119 هـ / 1707 م ) في موستار .

مكتبة إبراهيم أفندي بن إسماعيل الموستاري ( ت: 1138 هـ / 1726 م ) في موستار .

مكتبة علي باشا الاستولييتشوي ، في استوليتشا .

مكتبة مدرسة إبراهيم أفندي الموستاري ، و قد أسست في القرن الحادي عشر الهجري ، في قصبة بوجيتيل ، الواقعة قرب موستار .

مكتبة محمد باشا كوكاويتشا ، و قد أسسها قبل سنة 1173هـ / 1759 م في ترافنيك .

مكتبة مدرسة عبد الكريم سيم زاده كومشيتش ، و قد أسست في القرن الثاني عشر للهجرة ، في سراييفو .

مكتبة عثمان شهدي أفندي، التي أسسها سنة 1173هـ / 1759 م في سراييفو.

مكتبة جامع أحمد باشا ، المؤسسة في القرن الثاني عشر للهجرة ، في بلدة غرادتشانيتسا .

مكتبة الحاج خليل أفندي بن أحمد الغرادتشانيتسوي القاضي في المحكمة الشرعية ببلغراد ، وقد أسسها في القرن الثاني عشر للهجرة ، ببلدته غرادتشانيتسا .

و إذا تأمَّلنا حال هذه المكتبات ، سنلاحظ أنها في الغالب قامت عن طريق الوقف أصلًا ، أو أنها آلت إلى الوقف بصورةٍ ما .