أولا: أقام المسلمون المنهج العلمي على قواعد رئيسية لا تخضع للأهواء، ولا للغايات الخاصة، ولا للمطامع، فقرر الإسلام دستور العلم، ودعا إلى عدم الانخداع بالأوهام أو قبول الظن، ولا من يقول بغير دليل، ودعا إلى إعمال العقل، وسؤال أهل الذكر، وحرية النظر وإنكار التقليد.

ثانيًا: اهتموا بنقل المصادر وتحقيقها والإبانة عن أخطائها ومغالطاتها، وتحدثوا عن الملاحظة الحسية، وأكدوا دورها في دراسة الظواهر الطبيعية، وأوصوا بإجراء التجارب العلمية متى تيسر ذلك، وارتفعوا من الدراسة التجريبية للظواهر الجزئية إلى وضع قوانين عامة تفسر هذه الظواهر.

###71### ثالثًا: قرر علماء المسلمين أن العلم معرفة باستدلال، والاستدلال هو انتقال الذهب معلوم (مقدمات) إلى مجهول (نتائج) باستخدام المعلوم في التوصل إلى المجهول، وأشهر أنواعه الاستدلال الاستقرائي الذي يقوم على الملاحظة والتجربة، وهذا هو منهج العلوم الطبيعية والاستدلال الاستنباطي الذي يعتمد على العقل، وهو منهج العلوم الرياضية والفقه.