أ ـ مرحلة المشاركة: أو ما يسمى في بعض الجامعات بالقسم العام أو الجذع المشترك، حيث يتساوى فيه المتعلمون في المعلومات، على اختلاف مقاصدهم، وأن لا تقل مدة الدراسة في هذا القسم عن ثماني سنوات، يتعلم خلالها الطلبة:

1 ـ فنون اللغة العربية، وتاريخ الأدب العربي.

2 ـ العقائد الإسلامية، وأن تؤخذ من الآيات القرآنية والأحاديث النبوية.

3 ـ الفقه، بحيث يقتصر فيه على تقرير المسائل دون تشعباتها.

4 ـ تفسير القرآن العظيم، من تفسير الجلالين.

5 ـ الحديث النبوي، بدراسة مختارات من كتب السنة.

6 ـ التربية الأخلاقية، من الآيات والأحاديث وآثار السلف الصالح.

7 ـ الحساب والجغرافيا ومبادئ الطبيعة والفلك والهندسة.

ب ـ مرحلة التخصص: لمّا كان المتخرّجون من الجامعة الزيتونية على ثلاثة أصناف حسبما يتصدّرون إليه بعد تخرجهم، رأى ابن باديس أن يفرّع قسم التخصص إلى ثلاثة فروع:

1 ـ فرع للتخصص في القضاء والإفتاء، على أن لا تقل مدة الدراسة فيه عن أربع سنوات، يدرس خلالها الطلبة ما يلي:

-يتوسع لهم في فقه المذهب، ثم في الفقه العام، ويكون كتاب (بداية المجتهد) من الكتب التي يدرسونها.

-دراسة آيات وأحاديث الأحكام، ودراسة علم التوثيق، والتوسع في علم الفرائض والحساب، ويطلعون على مدارك المذاهب، حتى يكونوا فقهاء إسلاميين، ينظرون إلى الدنيا من مرآة الإسلام الواسعة، لا من عين المذهب الضيّقة.

2-فرع للتخصص في الخطابة والإمامة، تكون مدة الدراسة فيه سنتين، يتوسّع الطلبة خلالها في صناعة الإنشاء، والاطلاع على أنواع الخطب، مع دراسة آيات المواعظ والآداب وأحاديثهما، ويتوسعون في السيرة النبوية ونشر الدعوة الإسلامية، ويتمرّنون على إلقاء الخطب الارتجالية.

3-فرع للتخصص في التعليم، تكون مدة الدراسة فيه سنتين، يتوسع الطلبة خلالها في العلوم التي يريدون التصدي لتعليمها، وتمرينهم على التعليم بالفعل، مع التركيز على دراسة كتب فنّ التعليم.