بعد انطلاق المسيرة المباركة لانتفاضة الأقصى في 28/9/2000م وكان الشيخ أحمد رائدها بلا منازع. اعتقل كثير من قادة الحركة السياسيين أو اغتيلوا في الضفة الغربية، ولما كان القطاع بعيدًا عن يد الاحتلال إلى حد ما، لا لشيء إلا لحسابات اجتياحه العسيرة. وكانت قوة وحضور القيادة في غزة وعلى رأسها الشيخ قد أثار الاحتلال، فبدأ موجة اغتيالات ضد قادتها العسكريين والسياسيين،فاغتيل الشيخ صلاح شحادة وإبراهيم المقادمة وإسماعيل أبو شنب، وعشرات من قادة الجناح العسكري وكوادره، وتعرض الدكتور عبد العزيز الرنتيسي والدكتور محمود الزهار لمحاولات اغتيال فاشلة.

كذلك تعرض الشيخ أحمد ياسين في 6 سبتمبر-أيلول 2003م لمحاولة اغتيال إسرائيلية حين استهداف مروحيات إسرائيلية شقة في غزة كان يوجد بها الشيخ وكان يرافقه مدير مكتبه الأستاذ إسماعيل هنية. ويومها وجه الشيخ رسالة..يشكو فيها ما أصاب الأمة من صمت أمام الوحشية الإسرائيلية..واليوم وكأن شيخنا ا الشهيد ينشره بدمائه الطاهرة عسى أن تجدي هذه المرة مع الأمة النائمة النيام.

شكواه من نوم العرب: