وقد اهتم هذا العالم الشاب بالشؤون الدينية والاجتماعية والسياسية لطائفته، فإضافة إلى دوره في طلب الاستقلال عن الطائفة السنية واختياره عام 1969م. كرئيس للمجلس الإسلامي الشيعي الأعلى الذي شكلته الحكومة، ووافق عليه مجلس النواب بالإجماع، وعمد أيضًا إلى تحسين وضع أبناء طائفته عبر تأسيس المؤسسات الاجتماعية والاقتصادية والتعليمية التي ساهمت في رفع مستوى أبناء الطائفة، إضافة إلى دوره السياسي المهم في محاربة الإقطاع ورفضه الحرب ضد""إسرائيل""في بدء انطلاقته، فكان مما قاله في أحد تصريحاته"لسنا في حالة حرب مع"إسرائيل".. والعمل الفدائي يحرجنا"

وقد نجح"الإمام موسى الصدر"فى تعبئة الشيعة في إطار"عصبية طائفية"، مثل الطوائف الأخرى، وأوجد ما يسميه باحثون"الشيعية السياسية".

4-مرحلة السبعينيات أسس"السيد موسى الصدر"حركة أمل (أفواج المقاومة اللبنانية) عام 1975م، لتكون الجناح العسكري لحركة المحرومين (الشيعة) وللدفاع عن مصالحهم كمذهب متميز عن أهل السنة، وكان شعاره لهذه المرحلة"إسرائيل شر مطلق". وقد انتهت هذه المرحلة باختفاء"السيد موسى الصدر"في سنة 1978م، عندما كان في زيارة إلى ليبيا، وتقول ليبيا إنه غادرها إلى أوروبا، ويقول الشيعة حتى الآن إنه اختفى في ليبيا؛ بالرغم من صدور بيان عن القضاء الإيطالي في العام 2006م. يؤكد فيه أن الإمام موسى الصدر قد اختفى في إيطاليا وليس في ليبيا كما كان يعتقد.