دخل الإسلام هذه البلاد في عهد الخليفة الأموي عبد الملك بن مروان (86هـ - 705م) ، وتم فتحها علي يد القائد الباسل قتيبة بن مسلم الباهلي عام 95 هـ، ومنذ ذلك الوقت صارت جزءًا من أرض الإسلام .

وقد إستولى الصينيون على تركستان الشرقية سنة (1174 هـ = 1760م) بعد أن ضعف أمر المسلمين بها، و قامت بينهم معارك دامية في عام 1759م ارتكبت خلالها القوات الصينية مذبحة جماعية قتل فيها مليون مسلم. ثم قامت الصين بإحتلالها في عهد أسرة المانتشو عام 1760، ،وفرضوا سيطرتهم عليها حتى عام 1862 ، لكن الشعب التركستاني لم يستسلم و لم يخضع للجبروت الصيني و استمر في مقاومته للإحتلال حتي إستطاع تحرير بلاده عام 1863 وأقاموا دولة مستقلة إسلامية تحت زعامة يعقوب بك بدولت الذي إستمر حكمه 16 عاما.

إلا ان الصراع الذي دار بين البريطانيين و الروس خلال القرن 19 للسيطرة علي آسيا الوسطي، وهو ما عرف و قتها باللعبة الكبري، وتخوف البريطانيين من ان ينجح الروس في ضم تركستان الشرقية الي أراضيهم بعد ان سيطروا علي معظم دول آسيا الوسطي المسلمة (تركستان الغربية) ، فقاموا بمساندة الصنيين و دعمهم للسيطرة عليها، واستطاعت الجيوش الصينية الضخمة بقيادة الجنرال زوزونغ تانغ مهاجمتها و إحتلاها مرة أخرى في عام 1876 ومنذ ذلك التاريخ سميت . . XINJIANG باسم شنجيانغ

وفي 18 نوفمبر 1884 ضمها الصينيون داخل حدود إمبراطورية المنجو وأصبحت تابعة لها. لكن الجهاد لم يتوقف، وتابع التركستانيون كفاحهم و ثوراتهم و نجحوا مرتين الأولى في عام1933 والثانية عام 1944 حتي نال الاقليم الإستقلال اثر الثورة التي قادها الشيخ على خان. و تمكنوا في منتصف القرن العشرين من إقامة دولة مستقلة إسلامية إلا أنها لم تستطع الإستمرار طويلا. حيث قام الإتحاد السوفيتي بمؤازرة الصين عسكريا و ماديا للقضاء علي هذه الدولة.