أما النسخة، المخطوطة الأصلية فهي محفوظة في مكتبة المسجد النبوي الشريف من ضمن مجموع تحت رقم 111/80 (الرسالة الثانية) من المجموع في 7 ورقات ذات وجهين من ورقة 167-173 عدد سطور كل وجه 21سطرًا وكتبت بخط:نسخ جيد ، ورمزت لها بـ (ح ) وعنوانها كتاب الخصال المكفرة للذنوب المقدمة والمؤخرة ، وهي مختصرة ، نسخها محمد الشريف الحلفاوي المعناوي الأزهري عام 1117هـ . ( النسخة الثانية )
هي مصورة عن النسخة الأصلية محفوظة في المكتبة السليمانية باستنبول بتركيا ،
تحت رقم 396/11 - 2 - 2 -297وتوجد منها نسخة مصورة بمكتبة المسجد النبوي الشريف بقسم المخطوطات رقم 71 / ب ـ 103 / ب وتقع في 34 ورقة ذات وجهين من ورقة 254- 287 وعدد سطور كل وجه 13 سطرًا وكتبت بخط:نسخ جيد ،
وتعتبر هذه النسخة من أحسن النسخ التي وقفت عليها لأنها كاملة من حيث المتن والسند على ما فيها من بعض الأخطاء والسقط ، وهي أقدم من حيث تاريخ النسخ لأنها نسخت بعد وفاة المؤلف بخمسة عشر عامًا ، وقام بنسخها عمر بن نصر الله بن عمر الشافعي عام 867هـ ورمزت لها ب (س) .
والنسخة الثالثة: هي مصورة عن النسخة الأصلية المحفوظة في دار الكتب المصرية بالقاهرة رقم ( 125 ) مجا ميع ضمن مجموع من ورقة 96 - 127 وتقع في ( 32 ) ورقة ذات وجهين عدد سطور كل وجه ( 15 ) سطرًا وكتبت بخط نسخ عادي وليس لها تاريخ نسخ ولكن يوجد تاريخ على صفحة العنوان هو ( 1963 م ) ولعله هو تاريخ النسخ ، أو التملك أو الحفظ ، وقام بنسخها كل من: محمد بن عون ، وحسن توفيق ، ورمزت لها ب ( ص ) وتعتبر أيضًا من أحسن النسخ لأنها كاملة ولم يلاحظ فيها أي نقص لا في السند ولا في المتن ، وكلا النسختين بعنوان ( معرفة الخصال المكفرة للذنوب المقدمة والمؤخرة )