وعقب وفاة الشيخ عبد العزيز بن عبد اللطيف آل الشيخ -رحمه الله- كلَّف الملك عبدالعزيز رحمه الله أحد مساعديه وهو الشيخ: عمر بن حسن آل الشيخ رحمه الله بأعمال الاحتساب عام 1345ه‍، فأصبح الشيخ عمر رئيسًا لهيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر في منطقة نجد ، بما فيها القصيم وحائل وكافة بلدان العارض ، ثم بعد ذلك ضُم إليه المنطقة الشرقية والحدود الشمالية ، وعندئذ اقتضت المصلحة إيجاد مقر دائم للهيئة ، بحيث يجلس فيه الرئيس العام ويضم الموظفين ، والدعاة المرشدين ، والمنفذين ، وتكون مقرًا لكافة المراجعين، وفي هذه المرحلة اختصت رئاسة الهيئة بتنظيم أعمال الاحتساب ، وتسيير الأعمال الإدارية وإنجاز المعاملات ، والتحقيق مع المتهمين ، وإجراء ما يلزم من التأديب .

وبالنسبة لمدينة الرياض: فقد أُنشئت عدة مراكز فرعية لها في الأحياء ، نظرًا للتوسع العمراني ، وعُين لكل مركز رئيس يدير شؤونه ، وزود بعدد من الأعضاء والمعاونين وبعض الجند المنفذين .

أما خارج مدينة الرياض فقد أنشئت فروع للهيئة في كل مدينة وقرية ، وكل فرع ، له مقر دائم ، ورئيس ، وأعضاء ، وجنود ، وتقوم هذه الفروع بإحالة القضايا المهمة إلى الرئاسة في الرياض .

وكان الملك عبد العزيز - رحمه الله - لا يكاد يسمع أن قرية ليس فيها من يأمر بالمعروف وينهى عن المنكر إلا وجه إلى القائم فيها كتابًا يأمره بتعيين رجال من أهل الصلاح والتقوى لهذا الأمر .

وتبع هذه المرحلة من أعمال التطوير أن الهيئة كانت تقوم بتعيين مراقبين للتفتيش لمراقبة حسن سير العمل بالفروع ومتابعتها، وذلك عن طريق القيام بجولات تفتيشية مفاجئة، والقيام بأعمال الدوريات الليلية على الأسواق , والأماكن العامة ، والشوارع والمحلات ، فمن وجدوه في حالة شبهةٍ حققوا معه ، وعاملوه بما يستحق .