وفي المجال السياسي، عملت الحركة ضمن قواعد اللعبة المسموح بها في تلك الفترة، وتحول بعض أعضائها إلى استعمال العنف عندما تحولت الساحة السياسية إلى ساحة عنف وإرهاب. ولم يقتصر قيام مؤسسات أو أجهزة سرية أو عسكرية على الإخوان، بل إن مثل تلك الأجهزة السرية كانت جزءًا أساسيًا من كل الأحزاب السياسية وعاملًا مشتركًا بينها، وكذلك مع الدولة التي وظفت الاغتيال السياسي لحل مشاكل عدة. وتمظهر العنف ضد الإخوان في اغتيال مؤسسها حسن البنا وزج الآلاف من الإخوان في السجون، وحل الحركة وتصفية ممتلكاتها.