بعد سنة فقط على تأسيس جمعية الإخوان في القاهرة، كان لديها 50 فرعّا في جميع أنحاء مصر. وبسبب قلقها بشأن انتشار المدارس التبشيرية المسيحية في مصر، دعت حركة الإخوان الملك فاروق لإخضاع هذا النشاط للإشراف الحكومي. لكن بعد الاجتماع بواعظ مسيحي قبطي في الكنيسة، كتب البنا عن ضرورة أن يتحد رجال الدين (*) ضدّ الإلحاد، أثناء السنة نفسها، قرّر الإخوان بدء مجلة أسبوعية باسم: الإخوان المسلمون.

أثناء حكم النقراشي باشا (1946) ، دعت حركة الإخوان إلى الجهاد في كافة أنحاء الدولة ونشرت المقالات التي تنتقد الحكومة بسبب قمعها واضطهاد الحركة. أما فيما يتعلق بالمسألة الفلسطينية، زاد دعم الإخوان النشيط للفلسطينيين التوتّرات بين الحركة والحكومة. وفي عام 1948، شارك الإخوان في معارك الجيوش العربية لتحرير فلسطين، وبذلك تم تسليحهم واكتسبت الجماعة تدريبًا قتاليًا مهمًا. خافت الحكومة المصرية من هذه القوّة الجديدة وقادت سلسلة من الإجراءات الأمنية، كالحجز والتوقيفات ضدّ أعضاء في المنظمة وفي كلّ فروعها. إلا أن موقع الإخوان ضعف باغتيال النقراشي وباتهام الحكومة الحركة بقتله. حلت الجمعية رسميًا في عام 1947، وبعد سنة ونيّف اغتيل البنا.