وتقديرا للشيخ شلتوت منحته جامعة شيلي الدكتوراه الفخرية عام 1958. . كما منحته جامعة جاكارتا الدكتوراه الفخرية عام 1960.

وكان المسلمون في يوغوسلافيا واليابان والجزائر وروسيا وألمانيا وإيطاليا قد وجهوا إليه الدعوة لزيارة المسلمين فيها وتفقد أحوالهم.

ولقد أجمع العلماء وأهل الرأي أن التوفيق قد حالف الأزهر عند ما ولي أمره الشيخ شلتوت فوجد فيه مفكرا وعالما من اليقظة الفكرية والدراية العلمية ما يمكنه من القيام بدوره.

قبل أن تصعد روحه إلى بارئها بدقائق. . جلس يتحدث إلى زواره عن الإسراء والمعراج ثم توقف قليلا وتبين للحاضرين أنه يعاني أزمة طارئة وحاول الأطباء انقاذه وسارعوا بأنابيب الأوكسجين ليساعدوه على التنفس ولكن روحه كانت قد صعدت إلى بارئها.