المؤتمر انتزع الشيخ الظواهري قرارا أعلن فيه (وحدة مصر والسودان) ولما علم عبد الخالق ثروت بذلك قال (لم أكن أعلم أن الأزهر يخرج سفراء في السياسة) .

وتولى مشيخة الأزهر سنة 1929 م وسار على منهجه الذي أوضحه في كتابه (العلم والعلماء) وكان متأثرا بفلسفة الشيخ محمد عبده والإمام المراغي في السير نحو الإصلاح الديني وخطا خطوة عظيمة في اصدار القانون سنة 1930 م وبمقتضاه.

-انشاء كلية الشريعة لتخريج علماء يتولون الافتاء والقضاء الشرعي.

-إنشاء كلية لأصول الدين لتخريج مدرسي الدين في الأزهر والمعاهد الدينية وكلية اللغة العربية لتخريج مدرسين للغة العربية.

-كما اهتم بالدراسات العليا فأنشأ (تخصص الدعوة والإرشاد) (تخصص المادة للتدريس) .

-و أصدر (مجلة الأزهر) التي كانت تعرف قديما (بنور الإسلام) لتعبر عن الأزهر وتنشر الثقافة الدينية (و هي الآن تصدر بالعربية والانجليزية) .

-و كان رحمه اللّه متواضعا. . لما ناداه العلماء (بالإمام الأكبر) قال (ما أنا إلا واحد من المشايخ) وقرأ (إن أكرمكم عند اللّه أتقاكم) .

ومن مؤلفاته:

1 -العلم والعلماء (سبقت الإشارة إليه) .

2 -رسالة الأخلاق الكبرى.

3 -خواص المعقولات في أول المنطق وسائر العقليات.

5 -الوصايا والآداب.

6 -صفوة الأساليب.

7 -حكم الحكماء.

8 -براءة الإسلام من أوهام العوام.