ويعتبر د.فتحي الشقاقي الذي اغتيل على أيدي الموساد الصهيوني بتاريخ 26/10/1995م من أهم مفكري الحركة حيث قضى عدة سنوات في فترات زمنية متفاوتة داخل سجون الاحتلال قبل إبعاده خارج فلسطين المحتلة عام 1988.

وقد لعبت السجون الصهيونية دورًا هامًا في استقطاب الأتباع لحركة الجهاد، وقد سهل هذا الأمر وجود عدد من قادة الحركة داخل السجون، حيث قاموا بأنفسهم بالعمل على تجنيد أعضاء جدد من بين السجناء الوطنيين إلى صفوف حركتهم، ولهذا السبب قامت سلطات الاحتلال بإبعاد قادة الجهاد إلى الخارج بدلًا من إيداعهم السجون وإبقائهم فيها. وقد تركز الوجود الأساسي لحركة الجهاد الإسلامي في قطاع غزة، إلا أن الأعوام الأخيرة شهدت تزايدًا مستمرًا لنفوذ الحركة في بعض مناطق الضفة الغربية.

وتنص المبادىء العامة للحركة على التالي:

إلتزام الإسلام عقيدة وشريعة ونظام حياة، وكأداة لتحليل وفهم طبيعة الصراع الذي تخوضه الأمة الإسلامية ضد أعدائها، وكمرجع أساسي في صياغة برنامج العمل الإسلامي للتعبئة والمواجهة.

فلسطين من البحر إلى النهر أرض عربية إسلامية يحرم شرعًا التفريط في أي شبر منها كما يحرم الاعتراف بشرعية الكيان الصهيوني الباطل.

يمثل الكيان الصهيوني رأس الحربة للمشروع الاستعماري الغربي المعاصر في معركته الحضارية الشاملة ضد الأمة الإسلامية، واستمراره على أرض فلسطين يعني استمرار واقع الهيمنة والتجزئة والتبعية المفروض على الأمة.

تشكل فلسطين القضية المركزية للأمة الإسلامية.

الجماهير العربية والإسلامية هي العمق الحقيقي للشعب الفلسطيني في جهاده ضد الكيان الصهيوني، ومعركة تحرير فلسطين هي معركة الأمة الإسلامية بأسرها، ويجب أن تسهم فيها بكل طاقاتها وإمكاناتها المادية والمعنوية.

وحدة القوى الوطنية والإسلامية على الساحة الفلسطينية شرط أساسي لاستمرار مشروع الأمة الجهادي ضد العدو الصهيوني.