كافة مشاريع التسوية التي تعترف بالوجود الصهيوني في فلسطين أو تتنازل عن أي حق من حقوق الأمة فيها باطلة ومرفوضة.

وتسعى الحركة لتحقيق العديد من الأهداف من أهمها العمل على تحرير كامل فلسطين وإقامة حكم الإسلام على أرض فلسطين، وتعبئة الجماهير الفلسطينية وإعدادها إعدادًا جهاديًا وعسكريًا وسياسيًا لتأهيلها للقيام بواجبها الجهادي تجاه فلسطين، واستنهاض وحشد جماهير الأمة الإسلامية وحثها على القيام بدورها التاريخي لخوض المعركة الفاصلة مع الكيان الصهيوني.

وتعتمد حركة الجهاد الإسلامي الكفاح المسلح وسيلة أساسية لتحقيق أهدافها طغت على الجهود المتواضعة سياسيًا واجتماعيًا التي بادرت إليها الحركة منذ نشأتها، رغم لجوء الحركة إلى البحث عن خيارات موازية للعمل المسلح في المجالين السياسي والاجتماعي لرفد الحركة وتثبيت أركانها في مواجهة تداعيات ونوائب الوضع الفلسطيني المتقلب الذي يموج بالأحداث صباح مساء.

وقد تنوعت أشكال الممارسة العسكرية لدى عناصر حركة الجهاد، من استخدام الأسلحة النارية ضد الجنود والسيارات العسكرية إلى تنفيذ العمليات الاستشهادية داخل المجتمع الصهيوني.

وقد نفذت الحركة في عقد الثمانينات عددًا من العمليات العسكرية ضد قوات الاحتلال والمستوطنين مما أدى إلى مقتل وإصابة العديد منهم. وفي أوقات لاحقة من اندلاع الانتفاضة الأولى عام 1987 أعلنت الحركة مسئوليتها عن عدد من العمليات العسكرية ضد قوات الاحتلال حيث أطلقت على جناحها العسكري اسم كتائب سيف الإسلام ثم اسم القوى الإسلامية المجاهدة - قسم قبل أن تستبدل هذا الاسم بـ"سرايا القدس"مطلع انتفاضة الأقصى.

وكان من أبرز العمليات العسكرية التي سبقت اندلاع انتفاضة الأقصى العملية الاستشهادية المزدوجة التي نفذت في بيت ليد عام 1995 مما أدى إلى مقتل 20 جنديًا صهيونيًا وإصابة العشرات.