المتخرجين من النظام التعليمي الذي كانت ثانوية أزرو خاضعة له يلتحقون بالخدمة في الجيش الفرنسي كضباط عسكريين. حصل شفيق على شهادة في اللغة العربية وعلى إجازة في التاريخ وديبلوم في التفتيش المهني. عمل في سلك التدريس بداية أمره في منطقة دمنات, وكان من الأوائل الذين اهتموا بتمدرس الفتاة بالعالم القروي وقد أسس لهذا الغرض سنة 1955 الأقسام الأولى لتعليم الفتيات ببادية تايسا, ودرس أيضا في معهد البنات المسلمات بفاس. شغل مع بزوغ فجر الاستقلال مهمة مفتش بالتعليم الابتدائي بمجموعة من المدن المغربية قبل أن يعين مفتشا جهويا سنة 1959, ثم مفتشا عاما للتعليم الابتدائي منذ 1963. وفي سنة 1967, تمت ترقيته إلى مفتش مركزي منسق لمادتي التاريخ والجغرافيا وعين سنة 1970 كاتبا للدولة مكلفا بالتعليم الثانوي والتقني والعالي وتكوين الأطر, وهو نفس المنصب الذي احتفظ به في الحكومة المكونة في غشت 1971. ومن 13 أبريل إلى 19 من نونبر من نفس السنة, عين محمد شفيق مكلفا بمهمة في الديوان الملكي وفي نفس الوقت مديرا للمعهد المولوي بالرباط. وعبر مسيرته التعليمية الطويلة, درس محمد شفيق اللغتين العربية والفرنسية والتاريخ والترجمة وعلم التربية وعلم النفس التربوي مساهما بذلك في إعداد وتكوين أجيال من المتعلمين والمدرسين والمفتشين والباحثين. بعد إنشاء المعهد الملكي للثقافة الأمازيغية, عين عميدا له من 14 يناير 2002 إلى غاية نونبر 2003 حيث عين الدكتور أحمد بوكوس خلفا له. وهو عضو بأكاديمية المملكة منذ 1980 وكذلك بالمجلس الاستشاري لحقوق الإنسان في صيغته الثانية المعدلة.