يصل هزمت الجيوش الفرنسية في ايطاليا وانسحبت من اغلب اجزائها مما ادى هذا الانسحاب الى حدوث انقلاب عسكري اقصى منفذوه الشخصيات المعتدلة من حكومة الدليل واتت بمتشددين يعاقبة بدلا عنهم. ولما وصل نابليون الى فرنسا نفذ ورفاقه انقلابا عسكريا اطاح بحكومة الدليل وحل المجلس التشريعي وشكل حكومة جديدة بنظام استشاري واصبح نابليون رئيس جمهورية فرنسا والرجل الاول فيها. وحالما وصل الى الى سدة الحكم وتربع على عرش السلطة قام بحزمة من الاصلاحات السياسية والادارية والعسكرية والاقتصادية والاجتماعية ابرزها ابرام عقد المصالحة بين رجال الكنيسة ورجال الثورة الفرنسية وقد لعبت هذه الخطوة دورا كبيرا في بلورة حرية العبادة والدين في فرنسا. وفي عام 1804 وضع نابليون مجموعة هامة من القوانين لتنظيم حياة الشعب الفرنسي والتي اسميت بالقوانين الفرنسية التي ضمنت حرية العمل والضمير المساواة امام القانون والحرية الشخصية ووضعت اساسا علمانيا للدولة.
في هذه الفترة بلغت فرنسا اوج قوتها لذا فكر نابليون بتوسيع رقعة امبراطوريته وظهرت نواياه للعلن بالسيطرة على جزر هايتي والدومنيكان ومالطا واعادة احتلال مصر مرة اخرى وقد اثارت هذه الطموحات قلق بريطانيا التي باتت تتحين الفرص للقضاء على نابليون عن طريق دعم الملكيين بالمال وحياكة عدة مؤامرات لاغتيال