-نقص الوعي الإرشادي العام، ووجود اتجاه يؤدي إلى إحجام بعض العملاء عن الاستفادة من خدمات الإرشاد النفسي أو رفضها أحيانا، ولخلطهم بينه وبين العلاج النفسي.

-نقص اهتمام وعدم تعاون الوالدين وغيرهم ممن يستطيعون الإفادة -لو اهتموا- في البرنامج.

-صعوبات عملية تقييم البرنامج، فهي عملية مكلفة وتستغرق وقتا قد لا يتوافر لدى المسئولين عنه، كذلك فإن بعض عناصر البرنامج تخضع فقط للتقيم الذاتي العام، نجد بعض معايير التقييم صعبة التحديد بدقة. ويضاف إلى ذلك صعوبة تثبيت وضبط العوامل المتعددة الأخرى، غير عملية الإرشاد وخدماته، مما يؤثر في تغيير السلوك مثلا، وصعوبة إيجاد جماعة ضابطة.