زعم الجناح العسكري لحماس في غزة محمد الضيف، وفي شهر نوفمبر هرب الضيف من الحجز الفلسطيني. وأستسلم زعيم الجناح العسكري في الضفة الغربية محمود الشولي (أبوهنود) لمسئولى الأمن الفلسطينيين في شهر أغسطس بعد اشتباك مع جنود جيش الدفاع الإسرائيلي في موطنه في عسيرة الشمالية بالقرب من نابلس في الضفة الغربية، وقد قتل ثلاثة من الجنود الإسرائيليين بنيران صديقة خلال الحادث. وبحلول نهاية العام كان أبوهنود مازال رهن الاحتجاز الفلسطيني يقضي فترة بالسجن 12 عاما صدرت ضده من قبل محكمة أمنية فلسطينية.

وخلال الاضطرابات أصدرت حماس العديد من البيانات التي تدعو الفلسطينيين إلى قتال الإسرائيليين بكافة الوسائل المتاحة وهددت بمواصلة الهجمات انتقاما للضحايا الفلسطينيين. كما توعدت الجماعة أيضا بالثأر لمقتل العديد من أعضاء حماس خلال القلاقل في نهاية العام، ومن بينهم إبراهيم عودة الذي قتل في الثالث والعشرين من نوفمبر في نابلس. وأصدرت حماس بيانات عامة تتهم فيها إسرائيل باغتيال عودة الذي تردد أنه توفي عندما انفجر مسند الرأس في مقعده عندما كان يقود سيارته، على الرغم من أن الإسرائيليين يزعمون بأنه توفي وهو يقوم بنقل عبوة ناسفة. وتوعدت حماس بالانتقام من مقتل الناشط عباس عثمان الذي سقط صريعا برصاص قوات الأمن الإسرائيلية أمام منجر في الخليل في الثالث عشر من ديسمبر.

وعلى الرغم من الجهود الفلسطينية الواضحة لاجتثاث بنية الإرهاب في وقت سابق من العام، فإن المسئولين الإسرائيليين أعربوا علنا عن استيائهم من جهود السلطة الفلسطينية لمكافحة الإرهاب خلال الأزمة , كما اتهم الإسرائيليون مسئولي الأمن في السلطة الفلسطينية وأعضاء فتح بتسهيل والمشاركة في إطلاق النار وهجمات التفجيرات ضد أهداف إسرائيلية بما في ذلك تفجير حافلة الركاب في تل أبيب في الثامن والعشرين من ديسمبر. واتهم الإسرائيليون بأن إطلاق سراح العديد من السجناء خلال الأزمة قد سهل التخطيط الإرهابي من جانب الجماعات وأن مسئولى الأمن الفلسطينيين لم يستجيبوا لدعواتهم باتخاذ مزيد من الإجراءات الحاسمة ضد العنف.