حتي إن الأمر وصل إلى وقوع اشتباكات بين هذه المنظمات لمرات عديدة. إن بعض الإجراءات الوقائية التي اتخذتها حكومة الحكم الذاتي لحماية الأمن ونظام المجتمع في منطقة الحكم الذاتي زادت من حدة الخلافات بينها وبين المنظمات الإسلامية المتطرفة، ومن حدة النزاعات داخل منظمة التحرير الفلسطينية، فنذكر على سبيل المثال وقوع اشتباكات دموية بين رجال شرطة أمن الحكم الذاتي من جهة وحماس ومنظمة المجاهدين الإسلاميين وفصائل داخل منظمة التحرير الفلسطينية من جهة أخري في غزة وجنوب لبنان على التوالي في يوم الثامن عشر ويوم الخامس والعشرين من شهر نوفمبر عام 1994، وهو الأمر الذي أنهك القوة الذاتية للجانب الفلسطيني، وفي ظل هذه الأحداث قامت سلطة الحكم الذاتي باعتقال نحو مائة عضو من حماس وعناصر متطرفة إسلامية للسيطرة على الأوضاع، إلا أن هذه الاعتقالات زادت من حدة المشاعر المعادية لدي حماس ومنظمات المقاومة الإسلامية إزاء السلطة، ورأينا حماس توزع منشورات في غزة في فبراير عام 1995 حيث قالت محذرة بانه إذا استمرت الشرطة الفلسطينية في ممارسة اعمال قمعية إزاء حماس، فسوف يفضي ذلك إلى نشوب حرب أهلية في فلسطين.

-مسألة توحيد الأجهزة العليا الفلسطينية، وهذه القضية تعتبر من أهم التحديات التي تواجهها سلطة الحكم الذاتي، فهي تؤثر على المصير المستقبلي للمفاوضات الفلسطينية الإسرائيلية والدولة الفلسطينية. وفي هذا الشأن نذكر أن هناك خلافات كبري بين منظمة التحرير الفلسطينية وأجهزة سلطة الحكم الذاتي، فقد دعا بعض القادة التابعين لسلطة الحكم الذاتي، والذين جاءوا من الأراضي المحتلة إلى ضرورة أن تصبح الحكومة الفلسطينية في المستقبل