وتحتفظ المحكمة، فيما عدا السجلات المذكورة، بكُدس كبير من السجلات الرسمية لا يضمها تسلسل واحد، أو موضوع معين، وبعد دراستها تبين انها تتكون من عدة مجموعات تتناول كل مجموعة موضوعًا محددًا، ويحتفظ بعضها بأرقام متسلسلة أحيانًا، ومتقطعة غالبًا، لذا فقد قمت بفرز هذه السجلات إلى مجموعات متخصصة بحسب وحدة الموضوعات التي تتناولها.

إن ظاهرة تنظيم السجلات المتخصصة تعد احدى أهم الظواهر الاصلاحية التي طرأت على عمل المحكمة الشرعية، ويمكن إرجاعها -بحسب سجلات المحكمة نفسها- إلى سنة 1265 هـ/1848 م حين أفرد أول سجل خاص بضبط الدعاوى عن السجل العام للمحكمة، ويقترن هذا التاريخ بفترة تولي محمد نجيب باشا الحكم في بغداد (1258 - 1265 هـ/1842 - 1848) وهي الفترة التي شهدت أول تطبيق للتشريعات العثمانية القضائية في العراق.

وهذه المجموعات هي:

أ- سجلات الوكالات وتتألف من (24) سجلًا تغطي الفترة الممتدة من 17 جمادي الآخرة سنة 1332 هـ/1920 م ويحمل بعض هذه السجلات أرقامًا لكنها ليست متسلسلة بحسب السنين.

ب- سجلات ضبط الدعاوى: وتتألف من (118) سجلًا تشمل مختلف الدعاوى المرفوعة إلى المحكمة من 7 محرم 1265 هـ/1848 م إلى 24 ربيع الثاني سنة 1326 هـ/1908 م، ويحمل أغلبها أرقامًا متسلسلة مما يكشف عن فقدان بعضها، كما ان قسمًا منها لا يحمل أرقامًا البتة.

جـ- سجلات الفرامين والأوامر وتتألف من (11) سجلًا وتشمل عددًا كبيرًا من الفرامين والأوامر (أمر نامات) الصادرة من السلاطين العثمانيين والصدارة العظمى وبعض الدوائر الرسمية إلى ولاة بغداد، كما تشمل أيضًا أوامر مختلفة من شيوخ الإسلام وبعض الدوائر