سبق القول أن العبيديين الفاطميين اهتموا بنشر مذهبهم الإسماعيلي اهتمامًا بالغًا, وكانت تعتمد في ذلك على منهجين: الأول علني والآخر سري.

فالمنهج العلني كان يقوم به الوزراء والولاة بحيث يرضي العامة جميعها, وأما المنهج السري فكان يشرف عليه الخليفة الفاطمي بنفسه.

وكان قادة الدولة يتميزون بغزارة نشاطهم الفكري وكثرة تآليفهم كابن حوشب وابن كلس والنعمان بن حيون التميمي, وأصبحت مؤلفاتهم من المناهج المعتمدة للدولة الفاطمية.

نماذج من المناهج التي اعتمدها الفاطميون:

1-المجالس المؤيدية, لداعي الدعاة هبة الله الشيرازي.

2-ديوان ابن هانيء الأندلسي شاعر الدولة الفاطمية, وفي بعض الأبيات يخاطب الشاعر الخليفة الفاطمي قائلًا:

ما شئت لا ماشاءت الأقدار فاحكم فأنت الواحد القهار

وكأنما أنت النبي محمد وكأنما أنصارك الأنصار

هذا الذي ترجى النجاة بحبه وبه يحط الإصر والأوزار

3-السيرة المؤيدية لهبة الله الشيرازي, وذكر فيه مناقب أهل البيت ولزوم طاعة الإمام.

4-المجالس والمسايرات للقاضي أبي حنيفة النعمان الإسماعيلي, وهذا المؤلف يقع في ثلاثة مجلدات عن حياة الخلفاء الفاطميين, وفيه أحكام في القضاء والفقه.

5-الفترات والقرانات, وهو المسمى"الجفر الأسود"المنسوب لعلي بن أبي طالب وفيه يدّعون أن لكل آية من القرآن ظاهرًا وباطنًا, وأن من يؤمن بالظاهر دون الباطن فهو كافر.

6-دعائم الإسلام للقاضي أبي حنيفة النعمان الإسماعيلي, وقد اتخذه الفاطموين مرجعًا في أحكامهم, كما فعل الحاكم بأمر الله الفاطمي حينما أمر هارون بن محمد داعية اليمن بقوله: (( ولتكن فتواك للمستفتين في الحلال والحرام من كتاب دعائم الإسلام دون سواه ) ).

7-أسرار النطقاء لجعفر بن منصور, ويعد هذا المنهاج من كتب المناظرات الإسماعيلية الكبيرة, واتخذ أساسًا في الرد على من يخالفهم في أسرار النطقاء.