وفي حين أن كثيرين من رجال الدين الذين يتبعون تقاليد النجف كانوا يريدون دولة تحكمها المبادئ الإسلامية, فإنهم رفضوا فكرة الخميني القائلة بأن رجال الدين أنفسهم ينبغي أن يحكموا. بالإضافة إلى هذا, فإن المنظر العراقي للحكومة الإسلامية محمد باقر الصدر كان يتطلع إلى جمعية منتخبة لا داعي لأن تتألف من رجال دين. وهكذا, فإن الفكرة الشيعية العراقية المبدئية عن دولة إسلامية كانت تتعارض مع النظرية الخمينية التي وصلت إلى الهيمنة على إيران في عام 1979.

حزب الدعوة:

ردًا على تظاهرات شيعية ضخمة في عام 1977 وعلى الثورة الإسلامية في إيران في عام 1979, قمع البعث الأحزاب الدينية الشيعية والزعماء الدينيين الشيعة بطريقة فظة. وأعدموا الصدر في عام 1980 وجعلوا العضوية في حزب الدعوة جريمة يعاقب عليها بالإعدام. وألقي القبض على عديدين من أعضاء حزب الدعوة, وتحول الحزب إلى العمل السري, وأخذ يوسع تنظيم خلاياه في الوقت نفسه الذي كان يتفرق فيه جغرافيًا.

كان لحزب الدعوة في عقدي الثمانينات والتسعينيات من القرن العشرين قواعد عديدة, وقد لجأت مجموعة من أعضائه وزعمائه إلى إيران. وأقامت مجموعة أخرى في لندن. أما داخل العراق فإن التنظيم بقي قويًا في منطقة الفرات الأوسط (في جنوب العراق) وخاصة حول مدينة الناصرية. ورفض فرع البصرة -المسمى تنظيم الدعوة- المذهب الخميني. ولم تكن هناك صلات جيدة بين هذه الفروع وتطورت بصورة مختلفة من ناحية العقيدة والتنظيم.

قامت مجموعة"الجهاد الإسلامي"الموالية للخميني -والتي ترتبط بالدعوة وتقيم قواعدها في لبنان وإيران- بنسف السفارتين الأمريكية والفرنسية في الكويت في أواخر عام 1983 واختطفت طائرة ركاب كويتية بعد عام (في تلك الفترة من الحرب العراقية -الإيرانية كانت الولايات المتحدة والكويت تساندان صدام حسين) .