وخلال فترة رئاسة هاشمي رافسنجاني ومن ثم محمد خاتمي التي تحسن فيها وضع الأقليات الدينية بشكل عام واليهود بشكل خاص ، قلما غادرت أسرة يهودية إيران وبرغم أن سلطات الأمن قد اعتقلت أوائل عهد خاتمي عشرة من المواطنين اليهود بتهم منها التجسس لصالح إسرائيل ، إلا أن هذه الاعتقالات لم تغير شعور الجالية اليهودية .

ووفقا لدراسة أعدها مركز الدراسات الإيرانية ، فإن المهاجرين الأوائل من اليهود الإيرانيين سافروا بعد الثورة إلي الخارج ، كان معظمهم من الأثرياء اليهود ، فيما تسعون بالمائة ممن بقوا في إيران هم من الطبقة المتوسطة وقليلا منهم من الفقراء . كما أن هناك المئات من المثقفين والأطباء والفنانين والتقنيين اليهود الذين يزاولون أنشطتهم بحرية في إيران .

إن الثورة الإيرانية تعترف بالدين اليهودي دستوريا ، و البازار الذي لعب دورا كبيرا في الثورة الإيرانية يضم نسبة كبيرة من اليهود .

والرأي الإيراني حول اليهودية يقوم علي الأساس نفسه الذي وضعه الإمبراطور كورش الأول مؤسس أول إمبراطورية فارسية عند تحريره اليهود من السبي البابلي ، وهو أن اليهود جنس له شبه كبير بالجنس الآري ، ويمكن الاستفادة منه من خلال إغرائه بالمال . وقد استفاد النظام الإيراني من اليهود استفادة كبيرة خلال الحرب مع العراق كوسطاء يعقدون الصفقات مع الدول الغربية لإمداد إيران بما تحتاجه من المؤن والعتاد خلال فترة الحصار الأمريكي .

مازالت إسرائيل من أهم مراكز الاتجار في السجاد الفارسي ( العجمي ) .

وإذا ما جري حديث عن علاقات إسرائيلية ـ إيرانية فإن هناك شخصا لابد أن يكون حاضرا ، إنه أوري ليبراني مهندس العلاقات الإسرائيلية ـ الإيرانية والذي كان آخر سفراء إسرائيل في إيران حتي جاءت الثورة وطردته ليعود مرة أخري ولكن من بوابة العلاقات العسكرية الإيرانية ـ الإسرائيلية والتي كانت صفقة إيران كونترا أو إيران جيت أحد أبرز مظاهرها .