2 -وضع السياسة العليا لمجلس التعاون والخطوط الأساسية التي يسير عليها.

3 -النظر في التوصيات والتقارير والدراسات والمشاريع التي تعرض عليه من قبل المجلس الوزاري لاعتمادها - أو التي يكلف الأمين العام بإعدادها.

4 -إقرار نظام هيئة تسوية المنازعات وتسمية أعضائها - وتعيين الأمين العام.

5 -التصديق على ميزانية الأمانة العامة.

ثانيا: المجلس الوزاري: ويتكون من وزراء الخارجية للدول الأعضاء أو من ينوب عنهم من الوزراء وتكون رئاسته دورية لمدة ستة أشهر ويعقد اجتماعاته مرة كل ثلاثة أشهر ويجوز له عقد دورات إستثنائية بناء على دعوة أي عضو من الأعضاء وتأييد عضو آخر.

ثالثا: اللجان والاجتماعات الوزارية والمتخصصة: للعمل على تنفيذ سياسات المجلس ووضع الإجراءات التفصيلية لذلك. وتتنوع هذه اللجان بحسب طبيعة المهام الموكلة إليها وتأخذ تبعا لذلك صفة الدورية أو الوقتية حسب ما يقرر كل اجتماع أو لجنة وزارية. وقد بلغت هذه اللجان عام 1405 هـ / 1985 م 24 لجنة كما يجري التحضير للجان أخرى في مجالات أخرى.

رابعا: الأمانة العامة: تتكون من أمين عام يعاونه أمناء مساعدون وما تستدعيه الحاجة من موظفين ويعين الأمين العام لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة أخرى ويكون مسئولا مباشرة عن أعمال الأمانة العامة ويمثل مجلس التعاون لدى الغير في حدود الصلاحيات المخولة له. وتعتبر الأمانة العامة الأداة الأساسية لتقديم مقترحات الجهات المسئولة للسياسات والخطط والبرامج المؤدية إلى تحقيق أهداف المجلس - فتتولى:

1 -إعداد مشروع إستراتيجية العمل الخليجي المشترك في المجالات المختلفة.

2 -إعداد الدراسات والبحوث التي تتطلبها أعمال الأجهزة الرئيسية للمجلس.

3 -وضع الخطط والبرامج والمشروعات الكفيلة بتحقيق إستراتيجية العمل الخليجي المشترك.

4 -التنسيق مع المنظمات الدولية والإقليمية والعربية العاملة في مجال تخصصها.

5 -القيام بأعباء السكرتارية الفنية للجان الوزارية واللجان المختلفة في مجال عملها.