تسير اللجنة في عملها وفق خطة دقيقة، وتراجع العمل خطوة خطوة، فكل عضو فيها يطالع نسخة من أصل المصحف المخطوط على انفراد، ويقرؤُها ويدقق فيها آية آية، وكلمة كلمة، وحرفًا حرفًا، وحركة حركة، إضافة إلى المصطلحات والرموز، مستعينًا في ذلك بآلة تكبير حسب الحاجة، ويُدوِّن ما يقف عليه من ملحوظات في بيان معد لذلك، ويوقع عليه باسمه، ثم تجتمع اللجنة لمناقشة ما دوِّن في البيانات، وتصاغ الملحوظات في بيان واحد بعد حذف المكرر، ثم يجتمع أعضاء اللجنة لمناقشة هذا البيان بكل جزئياته، فما أُجمع عليه يوقع من الجميع، ويعتمد عليه في تصحيح الأصل الذي يعاد مرة أخرى للجنة، وتتبع الأسلوب نفسه حتى تطمئن اللجنة على سلامة ما كُتب.

ثم تأذن اللجنة بالبدء بالتحضير للطباعة (( المونتاج ) )، وتقوم بمراجعة العمل في هذه المرحلة بدقة متناهية، حتى تطمئن على سلامة التحضير للطباعة النهائية للمصحف الشريف.

وتتلخص الضوابط التي تسير عليها اللجنة في مراجعتها للمصحف الشريف فيما يلي:

1.اشتراط الإجماع في كل خطوة، والمصادر الأساسية من كتب المتقدمين وكتب المتأخرين هي المرجع في حسم أي خلاف.