أيضا تصريحه الخطير أثناء زيارته للولايات المتحدة الأمريكية في سبتمبر 2006 الذي قال فيه (إن الهلوكست حقيقة حتى إذا تم استغلالها وتم فرض ضغوط هائلة على الشعب الفلسطيني!! وينبغي ألا نسكت حتى إذا قتل يهودي واحد ولا ينبغي أن ننسى أن من جرائم هتلر والنازية والاشتراكية القومية الألمانية المذبحة التي طالت الأبرياء وبينهم الكثير من اليهود) .

وفي تصريح آخر لمجلة"التايم"خلال رحلته قال خاتمي (المحرقة حقيقة تاريخية ومطلقة) .

وفي لقاء مع مسلمي أمريكا في فرجينيا قال (إن منفذيها لن يدخلوا الجنة) ونفس هذا الاتجاه سار فيه وزير خارجية إيران، بل ان"علي أكبر ولايتي"أحد كبار المؤسسة الدينية والمستشار الدبلوماسي للمرشد الأعلى علي خامنئي أكد في حديثه لصحيفة"لاريبوبليكا"الإيطالية فبراير 2007 (أن محرقة اليهود خلال الحرب العالمية الثانية حدثت وأنها حقيقة تاريخية) .