وفق المنهج التالي:
1 -انتخبت من الآيات «المشكل» منها، وهو الذي قد تغمض معرفة إعرابه وإدراك توجيهه، أو يخالف في الظاهر قواعد النحاة، ولكنه لدى التأمل والتحقيق يظهر لنا موافقتها. قال الجوهري في صحاحه:"أشكل الأمر: أي التبس"، وجاء في"الوسيط":"الإشكال: الأمر يوجب التباسا في الفهم".
2 -حرصت على مطالعة مصنفات القوم في هذا الحقل؛ لكيلا أخرج عن اجتهادات علماء، كان لهم قَدَمُ صدق وجهد وفقه في فهم معاني القرآن العزيز.
3 -عُني هذا"المجتبى"بالمفردات، والجمل التي لها محل، والتي ليس لها محل، وأشباه الجمل من الظرف والجار والمجرور، وإن كان المقام لا يتسع للمرور بها جميعا، وتركت ذلك لكتابي الآخر"المفصَّل".
4 -يسير وفق ترتيب السور والآيات في المصحف الكريم، ويحافظ على رقمها، وفق مصحف المدينة النبوية"؛ وذلك لتيسير العودة إلى المُشْكل المنشود من الآية."
5 -ينتخب العبارة السهلة المأنوسة التي تتضح لجلِّ طلبة العلم، ومن هنا بذلتُ الجهد في توضيح عبارات المعربين التي قد تحتاج في عصرنا إلى تذليل غامضها، والكشف عن مقصودها.
6 -اخترت وجهًا واحدًا في إعراب مفردات الآية أو جملها أو أشباه جملها، بَيْدَ أن هذا الوجه مما نصَّ عليه أحد علماء العربية بالتصريح أو