تعود بدايات الكنيسة المعمدانية إلى القرن السابع عشر في إنكلترا وقد ظهرت بتأثير حركة تجديدي المعمودية أتابايتسب، وانشق منها بقيادة جون سميث، بحرية الاختيار، بينا آمن قسم آخر بالجبرية متأثرين بالإيمان الكالفني وقد اضطهدت السلطات البريطانية هذه الحركة حتى عام 1989 أسوة بحركات دينية أخرى.

خلال القرن 18 و 19 تم تقارب في وجهات نظر شقي الكنيسة المعمدانية، من انجلترا انتشرت الكنيسة المعمدانية إلى بلاد أخرى و خاصة الولايات المتحدة حيث تم تأسيس الكنيسة المعمدانية فيها عام 1939، سنة 1932 تمت إقامة أول كنيسة معمدانية في إيطاليا، وعام 1834 في ألمانيا وعام 1888 في أسبانيا.

كان قائد المعمدانية الأول جون سميث، وكان رجل دين في كنيسة إنجلترا، حين ذهب سميث عام 1907 م إلى هولندا مع الإنجليز المنفيين الذين أصبحوا فيما بعد الرواد الأوائل وأثناء إقامتهم في هولندا، کون سميث مع 36 عضوا منهم كنيسة للتعميد.

وقد ظهر الاختلاف في الاعتقاد داخل الكنيسة، وانفصل عن التجمع الجديد أحد عشر عضوا منهم ورجع هؤلاء الأعضاء إلى إنجلترا، ليؤسسوا هناك كنيسة في عام 1911 م، ولم تظهر المعمدانية في إنجلترا إلا بعد الحرب الأهلية الإنجليزية (1942 - 1901)

لم يكن هناك فرق واضح بين المعمذانين والأبرشانين إلا ما كان من أمر التعميد بالماء والدفاع القوي عن حرية الضمير؛ فقد خشي كل الإبرشانين من سلطة الأساقفة والمجمع الكنسي، وقد أعلنوا بكل صراحة أنه ينبغي أن يمارس الأشخاص العاديون ورجال الإبرشيات المحليون حكم أنفسهم بأنفسهم.

وقد قبل معظم المعمدانين، بتعديل خفيف لعقيدة اعتراف وستمنستر في الإيان