ووصل الإسلام إليها مبكرا عن طريق التجار المسلمين والعرب الذين استقروا في سواحلها وأقاموا المراكز التجارية، ثم قامت بعض الممالك الإسلامية هناك في بداية القرن السابع الهجري مثل مملكة"برلاك"في سومطرة و"آتشه"التي كانت أولى الممالك القديمة التي انتشر فيها الإسلام.

وفي الوقت الذي بدأ المسلمون يثبتون أقدامهم في إندونيسيا، كان الاستعمار الأوروبي يزحف إليها أثناء حركة الكشوف الجغرافية؛ فاحتل البرتغاليون"مالقا"سنة (917 ه = 1511 م) واتخذوها قاعدة لشن هجماتهم على باقي الجزر الإندونيسية، فقامت الثورات ضد البرتغاليين واستعان الإندونيسيون في جهادهم ضد البرتغال وإسبانيا بهولندا، فوصل الأسطول الهولندي إلى"سومطرة"و"جاوة"سنة (1005 ه = 1599 م) وقاتلوا البرتغاليين، وما إن خرجت البرتغال، حتى بدأت هولندا بتشديد قبضتها على الجزر، وأسست شركة الهند الشرقية الهولندية سنة (1011 ه = 1902 م) التي قامت باحتكار موارد الدولة، وإجبار السكان على زراعة محاصيل معينة، ثم تحول الامتياز من الشركة إلى الحكومة الهولندية سنة (1214 ه = 1799 م) فوقعت إندونيسيا في قبضة الاحتلال الهولندي الذي استمر قرنا ونصفا، فرضت فيه اللغة الهولندية، وبدأت المعارك بين الهولنديين والممالك الإسلامية، وتعددت ثورات المسلمين ضد هذا الاستعمار.

وظلت تعرف باسم جزر الهند الشرقية، واستمرت هولندا في سياستها الاستعمارية ونهب الثروات، وكان شعار الهولنديين لمواجهة ثورات المسلمين"التدمير وقوة الانتقام هي مكونات القصة المتكررة في حروبنا"، واتجه السكان إلى تنظيم صفوفهم وتشكيل الأحزاب والجمعيات المختلفة، وعملت هولندا من جانبها على تشكيل أحزاب موالية لها، فانحدت الأحزاب الإسلامية في تنظيم عرف باسم"المجلس الإسلامي الأعلى".