وفي عام 1966 قام بالتفاوض مع ماليزيا وأنهى صراع إندونيسيا معها، وتخلى عن علاقته الوثيقة بالصين والسوفيت واتجه نحو الغرب للحصول على المساعدات، ثم تولى الحكم عام 1998 لمدة خمس سنوات وأعيد انتخابه بعد ذلك ست مرات، وبلغ مجموع سنوات رئاسته 32 سنة.

وقام سوهارتو باحتلال تيمور الشرقية عام 975 التحقيق هدف سياسي يجتمع عليه أفراد الشعب الإندونيسي لتأييده، وسعي لتشكيل مناخ سياسي و اقتصادي ذي سند عسكري يقطع كل صلة بينه وبين الماضي الممثل في"أحمد سوکارنو"، كما عمل على تطوير برنامج اقتصادي كبير شهدت خلاله إندونيسيا تقدما اقتصاديا.

شهدت منطقة جنوب آسيا نموا اقتصاديا كبيرا، وظهرت مجموعة النمور الآسيوية التي استطاعت أن تحقق ازدهارا اقتصاديا كبيرا، وكانت إندونيسيا إحدى هذه النمور، وحققت نجاحا كبيرا جعلها تقترب من قائمة الدول الصناعية الكبرى، إلا أن هذه الدول الآسيوية شهدت أزمة اقتصادية حادة بدأت عام 1996 عندما تعرض الاقتصاد التايلاندي لهزة عنيفة وصدمات خارجية وداخلية كشفت عن ضعف هيكله المالي، وانتقلت الأزمة منه إلى بقية الدول الآسيوية ومنها إندونيسيا التي انخفضت عملتها"الروبية"بنسبة كبيرة زادت عن 30? فأدى ذلك إلى إصابة الاقتصاد الإندونيسي بمشاكل وأزمات كبيرة انتقلت إلى احتقانات في الشارع وغضب جماهيري، واختلطت مطالب الحريات بشدة الأزمة الاقتصادية.

وأرجع بعض السياسيين الإندونيسيين أسباب هذه الأزمة التي هزت البلاد إلى أسلوب التنمية الذي اتسم بالسرعة أكثر من اللازم لم يتح معه الوقت الكافي الوضع ضوابط تتحكم في النشاط الاقتصادي، وأرجع آخرون أسباب هذه الأزمة إلى إسراف القطاع الخاص بالاقتراض والتوسع في مشروعات بطيئة الدوران اقتصاديا وكذلك المضاربات العقارية، كما أن معدلات النمو المرتفعة أدت إلى ارتفاع المديونية الخارجية، وتدفق معها الاستثمار الأجنبي الذي أخفى معه