14 من أعضاء الجماعة الإسلامية لصلتهم بمحاولات لإعادة إحياء نشاط الجماعة في مصر. وفي شهر فبراير تم تنفيذ حكم الإعدام في اثنين من أعضاء جماعة الجهاد الإسلامي المصرية كانا قد أدينا في عام 1999 بالتخطيط لشن هجوم على السفارة الأمريكية في شهر أغسطس من عام 1998. وهاجمت قوات الأمن وكرا للإرهابيين في أسوان في أواخر شهر أكتوبر وقتلت اثنين من أعضاء الجماعة الإسلامية بينهما الزعيم العسكري للجماعة المسئول عن العمليات المسلحة في قنا وسوهاج والأقصر.

وظل التعاون الدولي لمكافحة الإرهاب يحتل أولية في السياسة الخارجية للحكومة المصرية طوال عام 2000. وفي شهر سبتمبر وخلال قمة الألفية للجمعية العامة للأمم المتحدة وقعت مصر على المعاهدة الدولية للحد من تمويل الإرهاب.

وعملت الحكومة المصرية بصورة وثيقة مع الولايات المتحدة في مدى واسع من قضايا مناهضة الإرهاب خلال عام 2000، وتعاونت مع السلطات الأمريكية بعد حادث تفجير المدمرة كول في شهر أكتوبر في اليمن و قامت بعملية مسح أمنية لقناة السويس واوصت بإجراءات لحماية السفن من أية هجمات إرهابية محتملة وهي تعبر القناة، كما لعبت مصر دورا مهما في اقتسام خبرتها في مؤتمر آسيا الوسطى المناهضة الإرهاب الذي عقد في واشنطن في شهر يونيو تحت رعاية وزارة الخارجية الأمريكية

وفي عام 2000 واصلت قوات الأمن والوكالات الحكومية إعطاء أولوية مهمة الحماية المواطنين والمنشآت الأمريكية من هجمات إرهابية. وزادت الحكومة المصرية من الإجراءات الأمنية للسفارة الأمريكية ومنشآتها الرسمية في ضوء الاضطرابات في إسرائيل والأراضي الفلسطينية و التهديدات ذات الصلة ضد المصالح الأمريكية