ومن الدلائل على عجز ولاية الفقيه قرار وقف الحرب حيث إنه من أهم نقاط الضعف في هذه النظرية والتي يمكن اكتشافها من خلال قرار الخميني منح رفسنجاني صلاحياته كقائد عام للنظام عدم إمكانية توافر صفات العصمة بشكل مطلق في الولي الفقيه لأن النظرية إذا كانت فرقت بين الولاية التكوينية للإمام والولاية الاعتبارية للفقيه إلا إنها عند التطبيق وقفت عاجزة عن وضع حد لهذه الفروق.فمع حصول الولي الفقيه على حق أن يكون المرجع الأخير والوحيد في النظام الحاكم ـ افتقد نعمة الشورى وحرم ميزة المراجعة. والحق أن الدارس لنظرية ولاية الفقيه والأسس التي قامت عليها والمرونة التي يضعها الفقه السياسي الشيعي في متناول الولي الفقيه في تبرير كل تصرفاته وأعماله يدرك أن نظرية ولاية الفقيه كانت السند الوحيد الذي استند إليه مسؤولو النظام في إعلان موقفهم من وقف الحرب ذلك أن مبدأ المصلحة الذي تضعه النظرية أساسا لأحكام وفتاوى الولي الفقيه يجعل هذا المسؤول في حل من أن ينقض فتوى أو قرارا اتخذه من قبل كما اتضح جليا في طريقة تعامل إيران وقبولها لقرار مجلس الأمن رقم 598 ونخص بالذكر طبيعة تحركات رفسنجاني في سياق قضية إيقا ف الحرب مع العراق.