وقد تجدد الجدل حول نظرية ولاية الفقيه التي استند إليها الإمام الخميني في التأسيس لنظام الجمهورية الإسلامية, والتي تعطي لمرشد الثورة أو القائد سلطات واسعة وشبه مطلقة في الهيمنة على مقاليد الحكم, وهي سلطات تلغي موضوعيا أي دور للرئيس المنتخب ديمقراطيا من قبل الشعب لأن أي قرارات أو إجراءات يتخذها الرئيس المنتخب أو البرلمان المنتخب لا يتم اعتمادها إلا إذا أقرتها أجهزة الحكم التي يهيمن عليها علماء الدين المحافظون مثل مجلس الخبراء والجهاز القضائي وصدّق عليها مرشد الجمهورية, وبدون ذلك فإن أي قرارات أو تشريعات تقرها الهيئات المنتخبة تعتبر كأن لم تكن, الأمر الذي ينزع صفة الشرعية الشعبية أو الديمقراطية على ممارسات نظام الحكم في إيران, وتظل السيادة للولى الفقيه المرشد وليس للشعب.

ونتيجة لذلك فقد تعرضت نظرية ولاية الفقيه لانتقادات حادة حتى من داخل كبار علماء الدين أنفسهم وعلى رأسهم آية الله منتظري النائب السابق للإمام الخميني, والذي تم عزلة ووضعه تحت الإقامة الجبرية في قم مدينة الحوزة العلمية الدينية.

وشهد عام 2002 استقالة واحد من كبار علماء الدين الإصلاحيين المعتدلين الذين تتوافق آراؤهم مع توجهات منتظري, وهو آية الله جلال الدين طاهري إمام مسجد أصفهان, الذي وجه انتقادات قاسية لنظام الحكم لدرجة أنه وصف رجال الأمن وأنصار حزب الله بالفاشيين المنبوذين والصعاليك الذين يقتحمون الحرم الجامعي وينتهكون المقدسات, ويذبحون الكتاب والشخصيات السياسية, ويمارسون التعذيب والقمع على أبناء الشعب.