بيد أنه مع وصول خاتمي إلى السلطة واتساع رقعة المشروع الإصلاحي في إيران بدأت العلاقة بين البلدين تشهد انفراجًا واضحًا, وذلك بعد أن تخلت إيران عن شعاراتها الخاصة بتصدير الثورة وبدأت في انتهاج سياسة فض الاشتباك مع دول الجوار, لكن التطور الأهم في هذه المرحلة الجديدة جاء مع تولي الشيخ حمد بن عيسى آل خليفة الحكم في مارس عام 1999 خلفًا لوالده الشيخ عيسى بن سلمان وإطلاقه للمشروع الإصلاحي الذي كان من أهم نتائجه لجهة العلاقة مع إيران حدوث انفتاح سياسي سمح لكافة التيارات السياسية بأن يكون لها تنظيماتها الشرعية وبحق العمل العلني على الساحة السياسية, الأمر الذي انتفت معه ادعاءات اضطهاد النظام للشيعة الذين يمثلون أغلبية السكان في البحرين, وقد أفرز المشروع الإصلاحي وربما للمرة الأولى اعترافًا كاملًا بشرعية حكم آل خليفة للبحرين, حيث من المعروف أن هذا الإعتراف في فترة ما قبل المشروع الإصلاحي كان غير موجود أو ناقصًا في أحسن الأحوال.

وفي سياق هذه المرحلة الجديدة من العلاقات بين البحرين وإيران جاءت الزيارة التي قام بها الشيخ حمد بن عيسى آل خليفة عاهل البحرين إلى إيران في أغسطس الماضي لتدخل في إطار هذا الصنف من الزيارات الموصوفة بالتاريخية وذلك استنادًا إلى عدة اعتبارات, يأتي في مقدمتها أنها الزيارة الأولى التي يقوم بها حاكم البحرين إلى إيران منذ اندلاع الثورة الإسلامية بها في عام 1979, إضافة إلى طبيعة العلاقة بين الدولتين والتوقيت الذي تمت فيه هذه الزيارة سواء فيما يتعلق بالتطورات الإقليمية الحالية أو التطورات الداخلية التي تشهدها كلا البلدين.