ومن الكرامات المنسوبة للسكندري أن رجلًا من تلامذته حج فرأى الشيخ في المطاف وخلف المقام وفي المسعى وفي عرفة. فلما رجع سأل عن الشيخ هل خرج من البلد في غيبته في الحج فقالوا لا ، فدخل وسلم على الشيخ فقال له: من رأيت في الحج في سفرتك هذه من الرجال؟ فقال الرجل يا سيدي رأيتك. فتبسم وقال: الرجل الكبير يملأ الكون.

ومن كراماته المزعومة: أن الكمال بن الهمام زار قبره فقرأ عنده سورة هود حتى وصل إلى قوله تعالى {فمنهم شقي وسعيد} فأجابه من القبر ابن عطاء الله بصوت عال: يا كمال ليس فينا شقي. فأوصى الكمال بن الهمام أن يدفن هناك.

وقالوا في سبب تسمية شيخهم محمد وفا، بهذا الاسم لأن نهر النيل توقف فلم يزد إلى أوان الوفاء فعزم أهل مصر على الرحيل فجاء الشيخ إلى البحر وقال اطلع بإذن الله فطلع ذلك اليوم سبعة عشر ذراعًا وأوفى فسموه وفا. ويقول الصوفية: إنه كان أميًا وله لسان غريب في علوم القوم ومؤلفات كثيرة ألفها في صباه وهو ابن سبع سنين أو عشر.

ويقولون: جاء أحد المريدين يشكو للشيخ عبد القادر عيسى - أحد مشايخ الشاذلية المعاصرين - طول غياب ابنه في الخدمة العسكرية وإنه مضى على غيابه ثمانية أشهر وأمه متألمة لفقده، فأطرق الشيخ ثم قال: سيأتي يوم الأربعاء إن شاء الله. وجاء الابن في الموعد الذي حدده الشيخ فسئل كيف جئت؟ فأجاب: صاح بي الضابط ليلًا وقد وقع على إجازة وهو يقول: ما استطعت النوم من شيخ مهيب يقول أرسل هذا إلى أهله!

ومشى الشيخ عبد القادر عيسى مع أحد مريديه في شوارع عمان بالأردن وأراد أن يقطعا الطريق إلى الجهة المقابلة وبنفس الوقت كان قس يريد أن يقطع إلى الجهة الأخرى فلما أبصر الشيخ القس همس في أذن مريده إن القس مسلم، فصاح القس من الجهة الأخرى {مسلم مسلم} . ويقولون إنه عندما زار الباكستان بايعه فيها دفعة واحدة ما يزيد عن مائة ألف شخص.

الانتساب إلى طريقتهم: