بعد سلسلة من الأحداث، بدأت باحتدام الصراع الطائفي داخل اللجنة العسكرية ذاتها، مرورا بالصراع بين أمين الحافظ"سني"وصلاح جديد"نصيري"حيث انحاز حافظ أسد إلى تكتل صلاح جديد، وانتهاء بالمعركة التي خاضها الجيش العلوي ضد الضباط السنة بهدف القضاء عليهم، ومن ثم هزيمة هذا الجيش في يوليو، 1967، برز نجم حافظ أسد بعد انقلابه على نور الدين الاتاسي، وتوليه مقاليد البلاد عام1971، لتتخذ السياسة في سوريا منحنا آخر أكثر وعيا بالمرتكز الطائفي، والبعد العائلي على مستوى السلطة بشقيها العسكري والمدني.

فقد عمل حافظ منذ توليه مقاليد السلطة في سوريا على فرض نظام حكم يقوم على الدمج بين حزب البعث والقوات المسلحة للهيمنة على مؤسسات الحكم المدني، وإعادة ترسيخ الإرث الفرنسي، المتمثل في قيام نظام حكم مدني ضعيف وأحزاب سياسة لا تملك نظرية سياسية ناضجة في مواجهة مؤسسة عسكرية تبسط نفوذها على كل الأجهزة المدنية، بالاستناد على الأقليات الطائفية، الأمر الذي أدى فيما بعد إلى تفجر الأوضاع في سوريا في يونيو سنة 1980 وقيام الجيش العلوي السوري بقمع الأخوان المسلمين، إذ ترسخ في هذا العمل العسكري الوعي الطائفي بقوة عندما بادر هذا الجيش بارتكاب مجازر جماعية وضرب السجون التي جمع فيها الآلاف من الشوارع بالدبابات.