كما أن علاقة حركة حماس مع جيش الإسلام علاقة فاترة جدًا يشوبها المد والجزر كانت في بعض الأحيان قاب قوسين أو أدنى من المواجهة خاصة عندما قامت جماعة جيش الإسلام باختطاف الصحفي البريطاني ألان جونسون مراسل بي بي سي تلك الحادثة التي كانت ستؤدي إلى مقتلة عظيمة بين الطرفين ولكنها حلت بعد تشكيل لجنة شرعية بتت في الأمر وفق الشريعة الإسلامية أفرج بعدها عن جونسون .

كما أن حركة حماس قامت باعتقال مجموعة من عناصر جيش الإسلام ثبت تورطهم في عمليات تفجير ضد مؤسسات نصرانية تعمل في قطاع غزة وبالتالي فإن أي عمل عسكري ضد المتشيعين في غزة سيعيد حلقة المواجهة من جديد بين حماس وتنظيم جيش الإسلام وكلاهما سني بلا شك .

كذلك لعل من أهم المعوقات أمام جيش الإسلام هو الصراع الفكري بين حماس وجيش الإسلام حيث تحذر حماس دومًا عناصرها من الإلتفات لكل ما يصرح به جيش الإسلام وينتقد بشدة حماس وذلك من خلال تقعيد العديد من القواعد الشرعية على منهج حماس وخطواتها السياسية وتصريحات قادتها السياسيين .

حماس مطالبة بالتحرك ضد المتشيعين:

مما سبق يتضح أن عملية تصفية المتشيعين بغزة والوقوف أمام المخطط الصفوي ربما يكلف جيش الإسلام الكثير ، بل ربما قد يتسبب في إراقة دماء سنية سنية"حماس وجيش الإسلام"ولا يخفى على عاقل أن الساحة الفلسطينية ليست بحاجة على الإطلاق إلى مواجهات داخلية فالشعب الفلسطيني يكفيه ما فيه .