فشرع بتصفية خصوم حزب البعث من قوميين وعروبيين غير بعثيين كالناصريين، ومن شيوعيين وإسلاميين سنة (جماعة الإخوان وحزب التحرير) أو إسلاميين شيعة بكل أصنافهم وأكراد وتركمان، وكانت التصفية تأخذ أشكالا وأصنافا؛ من تعذيب وقتل وسجن واغتيال وتلفيق تهم تسهيل الهروب من البلاد، وأصابت التصفيات والبطش شتى طبقات المجتمع العراقي ولكن نصيب السياسيين كان هو الأوفر.

دخلت البلاد في دوامات تصفية وإرهاب، وكان ناظم كزار أول شخص يمنح رتبة عسكرية من لاشيء (رتبة لواء) وكانت هذه سابقة في الجيش العراقي لم تعهد من قبل، وكان الهدف هو سيطرة البعث على دوائر الأمن، ولم يكن حزب البعث طائفيا أبدا - كما صورته المعارضة الشيعية - بل كان يؤمن بحزبه فحسب.

وكانت علاقة حزب البعث سيئة بكل التيارات والحركات الإسلامية المنظمة وغير المنظمة السنية أو الشيعية، ولذلك تقلصت نشاطات التيارات الدينية بشكل عام.

وفي المرحلة من 1968م حتى أواخر السبعينيات لم يكن هناك نشاط ملموس في مقاومة التشيع بسبب القبضة الأمنية لحزب البعث على العراق والتي كانت موكلة لشخصية شيعية بعثية مجرمة في بداية الأمر (1968-1973م) هي ناظم كزار مدير الأمن؛ لأن لحزب البعث نظرة سلبية تجاه الكيانات الدينية، فهو ينظر لها ككيانات رجعية غير قادرة على حكم البلاد والعباد وهي تشبه إلى حد ما نظرة الشيوعيين إلا أنها لا تحمل فكرة الإلحاد.

وعلاقة حزب البعث بالتيارات الدينية (السنية أو الشيعية) يمكن إجمالها بما يلي: