إلى عهده معاهد للعلم تعقد فيها حلقاته ودروسه. وكان نظام الملك أول من أنشأ معاهد مستقلة للتعليم يتفرغ فيها الطلاب للتعلم والمدرسون للتدريس. وقد أوقفت الأوقاف الكثيرة عليها وأسماها مدارس، بحيث عُممت في القرنين الخامس والسادس الهجريين، وانتشرت في مدن العراق وفارس وخراسان، وبخاصة في بغداد عاصمة الخلاف. وكانت نحو الثلاثين كما ذكر الرحالة ابن جبير (540 ـ 614 هـ/ 1145 ـ 1217 م) . فكان تعيين مدرسيها من صلاحية الوزير، وأهمها المدرسة الشافعية التي كانت في حرب مع المذهب الشيعي. فقد اعتبر هذا الوزير