ولرغبة المؤسس في تحسين وضع المدرسة، أصبحت للمدرسة أرض في الحرة الشرقية منحة من الدولة، وذلك بمساعي أمير المدينة الأمير عبد المحسن،ثم رفع الأمير عبد الله الفيصل إلى الملك فهد طلب بناء ملعب للمدرسة بناءً على طلب المؤسس، فأحال الملك فهد الطلب إلى وزير المالية محمد أبو الخير، الذي اقترح ضم المدرسة إلى جامعة محمد بن سعود الإسلامية، وأن تقوم بالإنفاق على المدرسة وبناء الملعب، فتقرر بناءً على ذلك الضم وصرفت الجامعة راتب شهرين، ثم توقفت خمسة أشهر عن صرف الرواتب، مما أدى بالمؤسس إلى السفر إلى الطائف لمقابلة الملك وعرض الطلب بالنظر في وضع المدرسة، ثم أُحُيل الطلب إلى وزير المالية الذي طالب الجامعة أن تقدم أسباب امتناعها عن تقديم الرواتب، فامتنعت الجامعة من تقديم جواب، ومن ثم أحيل الموضوع إلى وزير المعارف الذي رأى أن تبقى المدرسة تحت إشراف جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية، وأن تضم طلاب المرحلتين إلى طلاب وزارة المعارف، وأن تحرم المدرسة من إعانة وزارة المالية التي تعطى لها، وتكتفي بتبرعات الجمعية الخيرية بالشعبة المسائية لتحفيظ القرآن الكريم. ومن ذلك الوقت منذ عام 1405هـ، تولي الأمانة العامة لجماعات تحفيظ القرآن الكريم بجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية الإشراف على المدرسة بفرعيها، وتهتم بالناحية التعليمية مع الاحتفاظ بالنظارة للمؤسس، وهذا بناءً على صدور الأمر الملكي رقم 3/ب/11246 في 13/ 5/1405هـ، الذي نص على أن يعهد إلى جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية بالرياض الإشراف على جماعات تحفيظ القرآن الكريم. والمدرسة كانت قائمة على تبرعات ضئيلة وبسيطة من قبل أهل الخير، إلى أن أكرم الله المدرسة بفرعها - الرحمانية - الذي أزيل مبناه في مشروع توسعة شارع الملك فهد واشترى بدلًا عنه عقاران، والمدرسة تعتمد في الوقت الحاضر على إيجارات عقارات أوقافها في الصرف على