الانتهاك البدني: لأن الشكل الخارجي للفرج قد يشوه بعد ذلك نتيجة عدم إزالة إجرائها متساوية من جانبي الفرج أو نتيجة لإزالة أجزاء تناسلية لها وظائف.
الالتهابات: تبدأ هذه الالتهابات بجرح ملوث نتيجة استعمال آلات ملوثة في أجزائها أو عدم تطبيق أي وسيلة من وسائل التعقيم والعمل الجراحي ....
وبقدر ما يتلوث الحرج بقدر ما يلتهب وبقدر ما يلتهب تنتشر هذه الالتهابات إلى مناطق أخرى كالجهاز التناسلي الداخلي ومجرى البول والمثانة والكلى والتي قد تؤدى إلى حدوث الالتهابات المزمنة، فتحدث صدمة نفسية في غاية الخطورة على حياة المرأة الجنسية في المستقبل ويمكن تلاقى هذا العرض باستعمال مخدر موضعي أو كلى.
الأضرار النفسية والجنسية:
إن عملية الطهارة التي تقوم بها الداية وغيرها فيها تشويه للتشريح الطبيعي للأجزاء التناسلية الخارجية نظرًا لإزالة مناطق في غاية الخطورة والحساسية ولها دور فعال في اللقاء الجنسي مثل البظر والشفرين. ويتسبب عن هذا صدمة نفسية وجنسية قد تؤثر على العملية النفسية للفتاة وكذلك الرغبة الجنسية وقمة الشهوة (الشبق) .
مشاكل بالنسبة للزوج:
أثبتت الأبحاث التي أجرها (كنزى) أهمية البظر في السيدة للوصول بها إلى الإشباع الجنسي بحيث أنه يُعتبر من أكثر المناطق حساسية في الجهاز التناسلي للأنثى:
و في بحث ُأجرى على 62 حالة كان الأزواج يتعاطون فيها المشروبات الكحولية أو المخدرات وذلك للمساعدة على الاتصال الجنسي ولإطالة مدة العملية الجنسية رغبة في الإشباع. ولعل من مشاكل هذه العملية بالنسبة للزوج هو إدمان بعض الرجال على المخدرات أو المشروبات الكحولية رغبة في إشباع الزوجات بإطالة العملية الجنسية نظرًا لزيادة نسبة البرود الجنسي كنتيجة للطهارة. والسؤال الآن: هل توجد مزايا طبية لعملية الطهارة؟
يمكن تقسيم المزايا إن وجدت إلى: (مزايا دينية ونفسية، مزايا طبية)
المزايا الدينية والنفسية:
-اعتقاد البعض بأن الطهارة عادة دينية إسلامية يجب اتباعها، بالرغم من أن هناك دول مسلمة كثيرة لا تمارس هذه العملية.