و تماما مثل مصير شاه إيران، تخلت الولايات المتحدة الأمريكية عن الحاكم الذي کرس فترة حكمه لخدمتها، وفعل كل ما تريده تلك الدولة العدولبلده باكستان المسلمة فقد وافق مشرف في العام 2001 على مطالب الولايات المتحدة بالسماح لها باستخدام الأراضي الباكستانية تضرب حركة طالبان التي رفضت تسليم بن لادن بعد اتهام أميركا له بتفجيرات نيويورك وواشنطن في 11 سبتمبر 2001، ما جعل الباكستانيين يتفاجؤون بقوات أمريكية تحط على أرضهم بالقرب من منشأت باكستان النووية وقيام طائرات أمريكية بانتهاك السيادة الباكستانية جيئة وذهابا كلما خطر ببال قادتها شن حملات جوية على أماكن يشتبه بوجود قادة للقاعدة أو طالبان فيها، ما جعل هذا البلد النووي ضعيفا بلا داع أمام الولايات المتحدة وبحجة المشاركة في جهود مكافحة الإرهاب صارت باکستان بلدا بلا سيادة جوية إبان حكم مشرف.

وأغضب مشرف جميع الباكستانيين واستدعى غضبا واسعا في أوساط الجماهير عندما أقالت الحكومة الباكستانية. بأوامر من الرئيس الباكستاني. صانع القنبلة النووية الباكستانية عبد القدير خان من مهامه كمستشار لرئيس الوزراء للشؤون العلمية في يناير عام 2004 ومن ثم وضعه تحت الإقامة القسرية بعد تحقيقات معه بطلب من الولايات المتحدة الأمريكية.

وأثارت مصافحته للمجرم الصهيوني أرييل شارون في سبتمبر عام 2005 على هامش القمة العالمية للأمم المتحدة، حنا داخليا عند الشعب الباكستاني المسلم وعد بذلك أول رئيس باكستاني يصاقع مسؤولا"إسرائيليا"

ونكت مشرف باتفاقه الذي أبرمه مع فريق من الإسلاميين بعدما أقر البرلمان الباكستاني في ديسمبر 2002 تعديلات دستورية تعطي صلاحيات واسعة لمشرف بما في ذلك سلطة إقالة الحكومة المنتخبة، في مقابل الاتفاق الذي كان مشرف قد وقعه مع أحزاب المعارضة الإسلامية يتخلى بموجبه عن قيادة الجيش مع نهاية العام 2004 مقابل تمرير التعديلات.