الباكستانية إلى خطف عشرات الجنود الباكستانيين للمقايضة عليهم لوقف الحملة التي تشنها الحكومة الباكستانية ضد عناصر القاعدة وطالبان في المنطقة.

كما حاول تنظيم القاعدة أكثر من مرة اغتيال مشرف، ففي 20 ديسمبر 2003 نجا مشرف من محاولة اغتيال إثر تعرض موكبه خلال توجهه من العاصمة إسلام آباد إلى مقر إقامته في روالبندي إلى عملية انتحارية نجم عنها مقتل 15 شخصا وجرح 46 آخرين.

وجاءت محاولة الاغتيال تلك بعد أحد عشر يوما من محاولة اغتيال مماثلة استهدفت موكب مشرف وفي منطقة روالبندي أيضا في الرابع عشر من ديسمبر.

وفي 6 يوليو 2007، نجا مشرف أيضا من محاولة اغتيال بعد فشل استهداف مروحيته بقذائف مضادة للطائرات وهي تقلع من قاعدة تشاكلالا العسكرية في مدينة روالبندي.

وتخلل حكم مشرف أزمات عاصفة أثرت كثيرا على شعبيته واستمراره في منصبه ومنها خلافاته مع المعارضة وأزمة الانتخابات الرئاسية وأزمة القضاة وأزمة المسجد الأحمر واغتيال بوتووخسارة الحلفاء وأخيرا مذكرة عزله.

في عام 2002 شهدت باكستان انتخابات برلمانية ورئاسية، انتخب خلالها مشرف رئيسا لفترة من خمس سنوات، إلا أنه توسع في سلطاته حيث احتفظ لنفسه بمنصبي الرئيس وقائد الجيش وحق إقالة الحكومة وحل البرلمان.

وبعد انتقادات حادة لتعاونه مع واشنطن في الحرب ضد ما يسمى بالإرهاب ولاستمراره في قيادة الجيش بجانب مهام الرئاسة وهو أمر يتعارض مع الدستور، توصل مشرف في ديسمبر 2002 لاتفاق مع المعارضة تعهد بموجبه بالتخلى عن قيادة القوات المسلحة بحلول 21 ديسمبر 2004 مقابل البقاء في منصب الرئاسة.