تهديدا لمصالحها وقد يساعد الإسلاميين على الوصول للسلطة والسيطرة بالتالي على السلاح النووي.

ضمن محاولاته للبقاء في السلطة بأي ثمن، قرر مشرف في 9 مارس 2007 عزل رئيس المحكمة العليا افتخار محمد تشودري بزعم سوء استغلال منصبه، الأمر الذي قوبل بتظاهرات في كل أنحاء البلاد حيث اتهمته المعارضة بإبعاد تشودري لأن الأخير يرفض تعديل الدستور لتسهيل إعادة انتخابه رئيسا لولاية ثالثة.

ووجهت المحكمة العليا في 20 يوليو 2007 ضربة قوية إلى مشرف بقرارها إعادة القاضي تشودري إلى عمله على رأس المحكمة، حيث أيد عشرة قضاة في المحكمة إسقاط التهم عن تشودري، مقابل رفض ثلاثة بعد نقاشات استمرت 43 يوما، ورغم ذلك واصل مشرف تعنته وعرقل عودة تشودري لمنصبه.

يذكر أنه قبل عزله، أكد تشودري مرارا أن الدستور لايتيح لرئيس الدولة المنتهية ولايته الترشيح قبل إجراء الانتخابات التشريعية التي كان مشرف يخشى نتائجها واحتمال فوز المعارضة فيها، كما أكد تشودري أن القانون الأساسي يفرض عليه التخلي عن قيادة الجيش.

وجاءت أحداث المسجد الأحمر بإسلام آباد التي تعامل معها مشرف بمنتهى القسوة. و قد اشتهر بهذا الاسم نسبة إلى الطلاء الأحمر الذي يغطي جدرانه الخارجية، وتولي الشيخ عبد العزيز غازي الإمامة فيه بعد مقتل الشيخ محمد عبد الله.

ويتبع المسجد الأحمر مدرستان دينيتان: إحداهما للبنات وهي مدرسة حفصة والأخرى المدرسة الفريدية للبنين

وعلاقة المسجد الأحمر وامامه الشيخ عبد العزيز ونائبه الشيخ عبد الرشيد غازي بالسلطات الباكستانية لم تكن يوما على ما يرام، فالتوتر بين الطرفين كان