السمة البارزة بالنظر إلى العملة التي يشنها طلاب المسجد منذ تحالف مشرف مع واشنطن للتخلص من العلمانية وتطبيق الشريعة الإسلامية >

ومن جانبها، أعلنت السلطات الباكستانية منذ أحداث سبتمبر عزمها على متابعة المدارس الدينية الموجودة في باكستان والتي يبلغ عددها حوالي 12 ألف مدرسة، وملاحقة المعلمين والطلاب بها والسيطرة على مصادر تمويلها، بزعم أنها تأوي متشددين.

وفي بداية 2007، أصدرت بلدية إسلام آباد قرارا بهدم سبعة مساجد في العاصمة بدعوي أنها مبنية على أرض مملوكة للدولة، وكان من بينها المسجد الأحمر وملحقاته، وهو ما أشعل غضب القائمين على المسجد الأحمر وطلاب وطالبات المدارس التابعة له وخرجت مظاهرات حاشدة منددة بقرار الهدم ..

وفي مطلع فبراير 2007، قامت طالبات مدرسة حفصة باحتلال مكتبة للأطفال بالقرب من مدرستهن وأعلنت المعتصمات بها أنهن لن يغادرنها إلا بعد تعهد الحكومة كتابيا بعدم هدم المسجد الأحمر وملحقاته، مع ضرورة قيام الحكومة بتقديم الدعم المالي لهذه المدارس خاصة بعد نضوب مصادر التمويل بفعل الإستراتيجية الأمريكية لمواجهة الإرهاب ومعاصرة مصادر تمويله وتزايدت الاعتراضات من الطلاب والطالبات على إثر إغلاق الحكومة لموقع المسجد الأحمر في شبكة الانترنت في 10 أبريل وقيامها بعد ذلك بإغلاق المحطة الإذاعية التابعة للمسجد.

ومنذ مطلع يوليو 2007، حاصرت القوات الباكستانية المسجد الأحمر بعد وقت قليل من اختطاف الطلبة الإسلاميين سبعة عمال صينيين اتهموا بإدارة بيوت دعارة وأفرج عنهم بعد 17 ساعة إلا أن المتواجدين داخل المسجد رفضوا تسليم أنفسهم للسلطات.