ومع استمرار حصار عدة آلاف من الطلاب والطالبات من قبل القوات الباكستانية وزيادة الاهتمام الإعلامي، أعلن الشيخ عبد العزيز غازي أن حركة الطلاب والطالبات تدعو إلى تطبيق الشريعة الإسلامية في باكستان، وتدعو إلى الثورة على النظام العلماني بالبلاد.
وإثر فشل الوساطات التي قام بها بعض العلماء الباكستانيين، اقتحمت القوات الباكستانية المسجد في 10 يوليو، مما أدى وفقا لتقديرات رسمية إلى مقتل حوالي 75 شخصا بينهم أطفال ونساء والشيخ عبد الرشيد غازي نائب الإمام وشقيقه والذي حل محله بعد القبض على الشيخ عبد العزيز غازي أثناء مغادرته المسجد متخفيا في زي امرأة منتقبة وذلك بحسب رواية السلطات الباكستانية، بينما بلغت حصيلة الضحايا حوالي ألفي قتيل وفقا لتقديرات المعارضة
وتباينت آراء المحللين حول أحداث المسجد الأحمر، فهناك من فسر قرار الاقتحام بأنه جاء متماشيا مع سياسة التحالف مع أمريكا لمحاربة"الإرهاب"والتي اختارها مشرف منذ أحداث الحادي عشر من سبتمبر 2001، وذلك لتجنب غضب واشنطن التي هددت بالانحياز للهند واعتبار النظام الحاكم في باكستان عدوا لأمريكا إذا لم يتصد لتنظيم القاعدة ولفوضى المدارس الدينية التي صارت محطات لتفريخ الإرهابيين على حد التعبير الأمريكي.
وهناك تفسير ثان يرى أن قرار الاقتحام جاء في إطار المخاوف من استجابة الباكستانيين لنداء الثورة على النظام العلماني الذي أطلقه الشيخ عبد الرشيد
غازي
و في 27 ديسمبر 2007، أعلنت وزارة الداخلية الباكستانية عن مقتل زعيمة حزب الشعب الباكستاني بنظير بوتو جراء جروح أصيبت بها في انفجار استهدف موكبها في مدينة روالبندي خلال تجمع انتخابي، ما أسفر عن سقوط 20 قتيلا على
الأقل.