تختص الهيئة العليا للمجمع بما يلي:

1 -رسم الخطط والأهداف العامة للمجمع وسياسات تطبيقها، والإشراف على تنفيذها.

2 -الموافقة على طلبات التعاون الواردة من خارج الوزارة.

3 -دراسة ما يعرض عليها من الأمانة العامة للمجمع.

4 -إقرار برنامج إصدارات المصحف الشريف، وترجمات معانيه إلى مختلف اللغات.

5 -الموافقة على اختيار المقرئين للمصحف المرتل.

6 -الموافقة على ما يتم اختياره من مركز الدراسات القرآنية، ومركز خدمة السنة والسيرة النبوية من الكتب، والموضوعات العلمية تأليفا، وتحقيقا، وترجمة، ونشرا.

7 -إقرار خطة التدريب للعاملين في المجمع.

8 -إقرار الميزانية للأمانة العامة للمجمع.

9 -اعتماد الضوابط والمعايير التي تُصْرف على ضوئها المكافآت لأعضاء الهيئات واللجان والمتعاونين.

10 -إقرار اللوائح والأنظمة التي يحتاجها المجمع.