وفيما يخص السلطة التنفيذية فقد تبلورت وجهة نظر النظام حول هذا الموضوع ومؤداها أنه لا يريد أن يشغل منصب رئيس الجمهورية إلا من هو على خط الولي الفقيه فقد كان رئيس الوزراء مير حسين موسوي على سبيل المثال حريصا على اختيار وزراء يمثلون نفس اتجاهه في التشاور مع خامنه إي رئيس الجمهورية ولكنه لم يكن يستطع أن يتجاهل أشخاصا صاروا من أعمدة النظام فكان مجبرا على أن يضمهم في تشكيله كما كان مجلس الشورى الإسلامي يحاول تخفيف اتجاهه الاشتراكي بعد إعطاء الثقة لبعض وزراءه مثالا على ذلك الوزارة التي شكلها في 7/8/1984 ويمكن الرجوع للكتاب للوقوف على تفاصيل هذا التشكيل الوزاري.

أما فيما يخص الممارسة السياسية حتى وفاة الخميني فقد استمرت عملية الممارسة السياسية على نفس الصورة طوال حياة الخميني وبنفس الملامح التي أوضحناها سابقا وقد استمر الصراع بين السلطات الثلاث التنفيذية والتشريعية والقضائية أيضا حول مدى صلاحيات كل منها، ومدى نفوذ كل من رؤسائها في توجيه دفة الأحداث في إيران مع وجود الخميني الذي انحصر دوره في الفصل في نزاعات هؤلاء الرؤساء وسلطاتهم الثلاث.

ولعل من أهم القضايا التي أثارت جدلا كبيرا في إيران خلال الفترة التي سبقت مرض الخميني هي قضية صلاحية الحكومة في فرض شروط إلزامية على المواطنين وما ترتب عليه من خلاف بين الحكومة ومجلس الشورى الإسلامي حول صلاحيات الحكومة في التعامل مع القطاع الخاص بما يشير إلى عدم تنازل أي من الطرفين عن موقفه واستحالة التوصل إلى حل يرضي الطرفين.