وكان في سنة 1999م أن سافر إلى الأردن بعض المجموعات السلفية وهناك حصلوا على مجموعة مؤلفات للجماعات المصرية المسلحة المتطرفة مثل (إعداد العدة) وغيرها والتي كانت تطبع في دار البيارق في الأردن، اضافة لكتب أبي محمد المقدسي وأبي بصير وأبي قتادة الفلسطيني وغيرهم، وقاموا بنشر هذه الكتب في العراق بالطباعة والتصوير.

وانتشر هذا الفكر في جميع المحافظات العراقية، وأصبحت البيئة مهيأة لوجود تنظيم القاعدة في المستقبل. وهذا الفكر كانت له رغبة بمواجهة التشيع عسكريا إلا أن قوة السلطة حالت دون ذلك، وتم على يد هؤلاء تفجير مجموعة من الأضرحة في الموصل ثم تفجير محل خمور، مما دعا الحكومة لاعتقال أعضاء منهم والحكم عليهم بالمؤبد.

ومما لا يفوتنا ذكره أن للسلطة العراقية معرفة دقيقة سيما من خلال أجهزتها الأمنية لتكوينات الحوزة وجهود التشيع الخفية، كشف ذلك من خلال الوثائق التي ظهرت بعد الاحتلال، ولم تستفد عمليا منها في مواجهة التشيع إلا قليلا.

تفاقم الوضع بين 1998-2003م

كان الجيل الإسلامي في العراق يعاني من شدة مواجهة الحكومة له بدعوى الوهابية خاصة من قبل التيار الصوفي مستعينة بنائب رئيس الجمهورية عزة الدوري الذي شدد على ضرب التيار السلفي ورفع شعار أن التشيع أقل خطرا من الدعوة الوهابية ودفعه نفاقا بعض المتصوفة.

وكان لوقوف بعض الجماعات الإسلامية مع الحكومة دور سيئ في تفاقم الوضع وكانت الحكومة دائما تعتقل عشرات بل مئات الدعاة مما اضطر الكثير منهم للسفر خارج القطر هربا.